Le Grand Tremblement de Terre de Tokyo. Il y a dix ans, celui-ci a détruit des vies ainsi que des constructions.
Parmi ceux qui ont vécu au désastre, il y avait Ganta Igarashi, qui est maintenant collégien...
Jusqu'au jour où 'Red Man' apparaît dans son école et met de nouveau le monde sens dessus dessous.
La classe de Ganta est entièrement assassinée et bien qu'innocent du crime, Ganta est condamné à mort et envoyé à dans l'étrange prison connue sous le nom de 'Deadman Wonderland'.
Là, commence un jeu de survie où Ganta doit découvrir la vérité qui se cache derrière le meurtre de ses camarades de classe.
Ganta peut-il s'enfuir de Deadman Wonderland... ou celle-ci le détruira avant ?