Natsu no Arashi narre l'histoire du jeune Yasaka, un garçon quittant la campagne pour aller vivre à la ville chez son oncle. Arrivé en ville, il se décide à rentrer dans un café où il fera la rencontre d'Arashi, jeune fille énigmatique de 16 ans, ce qui marquera le début d'un inoubliable été.