An 2072, des monstres redoutables connus sous le nom d' «Aragami» sont apparus sur Terre et ont commencés à s'attaquer aux humains. La population mondiale fut réduite à 1/100 de sa population initiale en seulement quelques années, le monde des humains approche de sa fin ... Néanmoins il subsiste un groupe de personnes qui mène des combats féroces contre les Aragamis en utilisant une arme biologique nommée «Jinki» (Dispositif divin). Ces gens sont appelés « G.E. » (God Eater). Le Manga tourne autour d'un des God Eater, Silva, et de sa lutte pour redonner espoir à l'humanité ...