Ce manga raconte l'histoire du digimonde contrôlé par un ordinateur dénommé Yggdrasil. Les Digimon ont tellement été multipliés dans le passé qu'Yggdrasil était incapable de supporter une telle quantité de données et surchauffait. Yggdrasil crée alors le "nouveau digimonde", composé du passé, présent et du futur - Urd, Versandi et Skuld, respectivement, et extermine par la suite les Digimon qui ne doivent plus être à l'aide d'un programme. Cependant, les Digimon adaptés d'un programme nommé Anticorps-X, les rend plus fort, changent leur forme et les immunisent contre ce programme. Yggdrasil envoie les Chevaliers Royaux, treize Digimon se portant bénévole pour protéger le digimonde, et à ce moment Kouta, Yuuji et Shinji, trois humains, trouvent un moyen d'accéder au digimonde et rencontrent le partenaire Digimon Dorumon, Dorumon pour Kouta et Ryuudamon pour Yuuji. Kouta et Yuuji résistent à Yggdrasil et au Chevaliers Royaux, mais Shinji rejoint apparemment Yggdrasil.
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