Avec l'évolution et la modernisation, il n'est pas étonnant, de nos jours, de voir un temple shinto rasé pour construire des immeubles.Ce que les gens ignorent, c'est qu'en faisant cela il se pourrait qu'ils détruisent de précieux artefacts, et c'était précisément le cas de l'arbre qui se trouvait dans la cour du temple. Qu'est-il advenu de lui ? C'est notre héros, Jin, qui en a récupéré une bonne partie pour faire un projet d'école, une grande statue en bois. Mais dès qu'il la pose sur le sol, celui-ci se fait absorber et de sa statue sort une jeune fille, Nagi, elle se dit déesse de la nature, et est plutôt perturbée par ce qui est arrivé de son précédent réceptacle, l'arbre. Elle décide donc de vivre avec Jin et de nettoyer les environs de ses 'impuretés'