Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant. Il y a de cela douze ans,Kyûbi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki. L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village.