Cette série, suite de star ocean 2nde story et de star ocean blue sphere, est le manga s'inspirant du rpg du même nom. 400 ans se sont écoulés depuis que les 10 sages ont échoué dans leur entreprise de destruction de l'univers. La fédération galactique a déjà exploré un tiers de la voie lactée et continue de l'explorer dans son insatiable quête de pouvoir. Mais cette avancée technologique est un prémice à la fin de l'humanité. L'histoire commence quand Fayt Leingod accompagné de son amie d'enfance Sophia Esteed, partent en vacances avec les parents de Fayt, célèbres biologistes, dans la station balnéaire Hydra IV Grantier. Alors qu'il se promenait dans l'hôtel, la station est attaquée par des vaisseaux inconnus. Séparé de ses parents, puis de Sofya, Fayt se retrouve seul sur une planète inconnue après que sa capsule de survie se soit endommagée..