Soul Eater raconte l'histoire de 3 jeunes apprentis manieurs d'armes étant d'apparence humaine, de l'école Shibusen, où ils apprennent à devenir de vrais manieurs d'armes confirmés. L'école Shibusen a été construite par Maitre Shinigami, un ancien héros au masque en forme de tête de mort. Ces manieurs possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses, appelées 'armes démoniaques'. En leur faisant manger 99 âmes de démons, des êtres anciennement humains que la folie a transformé, et 1 âme de sorcière, ils les transformeront en Death Scythe, des armes démoniaques plus puissantes et plus évoluées. Tout serait bien si c'était aussi simple, malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes. Au nom du destin, quelle vision de la justice l’emportera… ?