L'Institut Hanzo n'est pas seulement une école ordinaire. Cette école tient une classe top secrète pour l'entrainement des ninjas et est réservée à l'élite. Seules deux filles font partie de cette classe cette année-ci. Il y a Ikaruga, une petite brune calme mais douée, et Katsuragi, une blonde passionnée et compétente. Leurs personnalitées sont en totale opposition, ne manquant pas de créer des étincelles dés le premier jour de classe. Ikaruga, étant un peu en avance sur l'apprentissage, supplante Katsuragi dans tous les domaines. Avec les tensions augmentant chaque jour, comment ces deux filles feront-elles pour travailler ensemble lorsque le moment sera venu ?

Adaptation manga du jeu 3DS Senran Kagura sorti en septembre 2011, traitant des évènements antérieurs à l'histoire du jeu.