Après avoir sauvé Tetra des griffes de Gannondorf, l'esprit du mal, Link par avoir son amie et son équipe de pirates vers de nouveaux océans, en quête de nouvelles aventures. Ils décident alors de se diriger vers l'océan du Roi de la Mer, pour mener l'enquête sur d'étranges disparitions de bateaux. La rumeur dit qu'un bateau fantôme terrorise les mers voisines...